私なりの攻略法です。たしになるかどうかわかりませんが、まだクリアーしていない方は、参考にしてみて下さいね。
（まだノーコンティニューでクリアしていない(汗)ので、ボーナスゲームがどの駅で出現するのかが不明です。そのあたりは後日補足します）

隠しダイヤの出現条件

実のところよくわかりません(^^;。
おそらくメモリカードにセーブされている走行距離によって、順次出現していくのだと思いますが、渋谷 8:58発東京・上野方面行きの場合については、たまたまなのか、山手線を全ダイヤクリア（その時はコンティニューしまくりでしたが(^^;）したときに、出現しました。

天候は？

天候欄に？マークがついているダイヤについては、ゲームを始めるときに、ランダムで決まります。晴れ・曇り・雨・雪の４種類確認していますが、雪になる確率が一番少ないようです(推定10％くらい)。
晴れ・曇りのときについては線路上が乾いているので、ブレーキにかかる距離は同じで短いです。雨天時が停止するのに一番距離を必要とし、低速域(40km/h以下)のブレーキのききは特に弱いので、注意が必要でしょう。
雪の時は雨天時ほどは、停止するのに距離を必要とはしていないようなので、基本的には雨天時に準じるものの、途中でブレーキを若干弱めるなどして調整します。（あまり停止距離を必要としないのは、多分まだ雪がそんなにふってなくて、線路が湿ってないからだと想像してます）

一度でもミスすると、クリアできない！

さすがは５つ星だけあります。以下のことを一度でもやってしまうと、クリアは困難をきわめることになります(泣)。

• ダイヤから遅れること
• ０ｍで停止できない
• 停止に無駄な時間を空費すること

いづれも持ち時間を大量に失ってしまいますので、ともかく無駄な時間を作らないよう最大限努力し、ぴたり０ｍで停止。少ない持ち時間を少しづつ稼いでいきましょう。
またダイヤから早すぎる（おそらく５秒以上だと思われます）のもだめなのは、いまさら言うまでもないですね。

駅に停車するときの基本

駅に止まるときは、まず停止位置までの距離が残り３００ｍになるまでに、７０キロまで減速しておきます。
もしくは６５キロで走行中ならば、３００ｍの地点でブレーキを２(３)に入れ、残り２００ｍ地点で６０キロになるよう調整します。
あとは以下を目安にしてみてください。（以下かっこ内は雨天時です）

• 残り３００ｍ−７０km/h−ブレーキ６(７)
• 残り２００ｍ−６０km/h−ブレーキ６(７)
• 残り１００ｍ−４５km/h−ブレーキ５(７)
• 残り　８０ｍ−４０km/h−ブレーキ５〜６(７)

残り２０ｍにできるだけ近い地点で、２０km/hまで速度を落としてください。そのあと
晴れ・曇りの時は残り１５ｍで、雨・雪の時は残り２０ｍでブレーキを７
に入れ、一気に停止しますが、残り１０〜５ｍくらいのところでちょっとの間だけ、ブレーキを３くらいにゆるめて最後の調整をするのが、ぴたり停止するためのこつです。

その他の技術(?)など

ともかく２０km/hからのブレーキテクニックが非常に重要です。強すぎると時間を空費してしまい（最悪、停止位置手前で止まってしまう）、弱すぎると過走してしまって、減点されます。
また駅数も多く、集中力を維持するのがなかなか難しいです。コギャルのぶーたれるのが気にならないくらいの集中力が必要となるでしょう(^^;。

理想としてはそれぞれの駅に２秒早着で、ぴたり０ｍ停車といったところになりますね。なかなかうまくはいかないですけど(泣)。
ともかくここをクリアできるようになれば、おそらく京浜東北線も楽々クリアできるように……なるのかな？(^^;
ブレーキ８については必要であればどんどん使いましょう。ブレーキ８を使わないと、クリアできないことも多そうですし。

渋谷 8:58発東京・上野方面行き

渋谷→恵比寿

７５キロまで加速します。
残り３００ｍの地点で７０キロになるよう、恵比寿が近づいたら微調整をします。
できれば３〜４秒早着しておいた方が、長い目で見るといいのかもしれません（このくらいなら、ダイヤには影響しません）。逆にここで遅れているようですと、先行きは暗いかも(^^;。

恵比寿→目黒

６５キロ信号が点灯します。
上り勾配を登りきったところで速度が６０キロくらいに落ちているので、勾配がなくなったら再加速します。
下り勾配では６５キロを超えないよう、少しだけブレーキを２に入れます。

目黒→五反田

７０キロくらいまで加速します。
少しすると６５キロ信号が点灯しますので、ブレーキを４か５に入れ減速します。６５キロまで減速したらブレーキをいったん切ります。
五反田駅ホーム手前で警笛を鳴らすとボーナスがもらえます。

五反田→大崎

６５キロ信号が点灯します。

大崎→品川

途中まで６５キロ信号が点灯していますが、その後７５キロ信号が点灯しますので、７５キロまで加速してください。
品川駅ホーム手前（架線柱が横に並んだくらいのあたり）で警笛を鳴らすと、ボーナスがもらえます。

品川→田町

９０キロまで加速します。
京浜東北線(北行)との立体交差の手前でブレーキを６(７)にいれ、７５キロ信号に対応します。その後も引き続きブレーキを３にゆるめて減速し、４５キロ信号に対応します。４５キロ信号が点灯したら、ブレーキを４(６)に入れ、減速しましょう。
４５キロまで減速したらブレーキをいったん切ります。

田町→浜松町

発車時に警笛を鳴らすと２秒もらえます。
残り３００ｍ地点までに、７０キロにしておきます。

浜松町→新橋

７５キロまで加速しますが、すぐに６５キロ信号が点灯しますので、ブレーキを６か７に入れ減速します。

新橋→有楽町

７０キロちょっとまで加速後ブレーキを３〜５に入れ、残り３００ｍ地点までに６０キロにしておき、その後ブレーキを６(７)にいれ減速し、４５キロ信号に対応しておきます。

有楽町→東京

６５キロ信号が点灯します。

東京→神田

発車してほんの少し進んだところに、警笛ボーナスがあります。
７０キロまで加速後６５キロ信号が点灯するので、ブレーキを５に入れ減速し、その後も４５キロ信号に対応するため、ブレーキを切らずに２(３)にゆるめて４５キロまで減速します。

神田→秋葉原

６５キロ信号が点灯するまで少し時間があるので、それまでは４５キロを超えないよう、気をつけます。

秋葉原→御徒町

６５キロ信号が点灯します。

御徒町→上野

駅間が短いので、６０キロちょっとまでしか加速できません。