私なりの攻略法です。まだクリアーしていない方は、参考にしてみて下さいね。今後もう１度くらい、改訂するかもしれません。

この路線の基本操作（各線にも共通する点があるかと思います）

基本的には、８０〜８５キロまでフルノッチで加速→惰性走行→減速・停車となります。おおむねこのスピードで走行していれば、通過駅にちょうどよい時間に通過できるようです。通過駅の前で、定時通過できるように速度を調節します。
また駅を通過するときに定時で通過すると、ボーナスとして５秒もらえますが、定時より遅れると遅れた分だけ持ち時間が減りますので、定時より２〜３秒くらい早く通過できるよう、時間には余裕を持ちましょう。
余裕があれば、駅構内での減速操作で定時通過できるはずです。あまり早く通過すると、減速信号とかが点灯すると思いますので注意が必要です。

ダイヤより（おそらく３秒以上）早く走行していると、７０キロ制限の信号が点灯しますので、減速します。京浜東北線では、あわてる必要はないでしょう。
余談ですが、秋田新幹線でこれを点灯させると、まず減速は無理（１１０キロくらいで走行していることが多いので）で、ATSが作動して強制停車させられます。減点＆ダイヤに大幅な遅れが生じて、まず全線クリアは絶望的になるでしょう。まあ、ATS作動させてしまって、全線運転するというのもおかしな話ですね。

また、青信号が点灯しているからといって、車掌さんからの安全確認の信号が点灯しないうちは発車してはいけません。これは誰かやりそう（とかいいながらついに１回やってしまった(^^;;）なので、気をつけて下さい。（多分１０秒減点されるかと思います）

駅に停車するとき

駅に止まるときは、停止位置までの距離が残り１８０ｍくらいの位置になるまでに、ブレーキレバーを８に入れます。残り２００ｍの位置で一気に８まで入れるとちょうどよいと思います。６とかではいけません。

ある雑誌に、いきなりブレーキを８に入れると急制動、みたいなことが書かれていましたが、これは低速時の話で、６０キロ以上でているときには全く当てはまりませんので、思い切っていきましょう。 多分これは本物に対する知識のない人が書いたんで、誤解を招く書き方となってしまったんでしょう。結構６くらいで遠慮している人が多くて、雑誌の力は偉大だと思いました（苦笑）。

速度が落ちてきたら、ブレーキレバーを少しづつゆるめます。ブレーキのききは、前作に比べるとよくなっている感じです。そのかわり今回のものは、本物により近いものとなっているので、一度３くらいにゆるめたブレーキレバーを急に８とかに入れると、急制動ということであとで１０秒減点されることがありますので、この点は前回入れ込んだ人は特に注意が必要です。
おおむね３から６くらいで操作するようにし、できるだけブレーキを切らないように（１くらいには入れておくとか）した方がいいでしょう。一度弱めたブレーキレバーを強めたいときは、少しづつ強くしましょう。
残り６０ｍくらいの地点で４０キロになるようにします。あとは上記操作で調整します。

（本物の電車で駅に近づいたときに、急にがくんとつんのめることがありますが、その状態を再現しているのです。これをやると乗り心地悪いので、減点は当然。前作の私が気になっていたところが改善されて、うれしくもありますね。）

非常ブレーキは使うと減点対象になります。

ボーナスゲームについて

京浜東北線では、東京駅到着後にボーナスゲームがあります。
前作と違い、特急電車を連結するためなのか、シビアになっています。
時速１０キロくらいまで加速後、少し惰性走行させて、そのあとブレーキを４くらいに入れて減速し、衝撃をできるだけ少なくします。
なお前作と同じで一度停止してしまっても、持ち時間（計１５秒）が残っていれば、再度加速して続けることができます。

以下各区間で気のついたところを列記しました。

品川→田町

７５キロくらいまで加速します。途中で山手線と交差しますが、そこでの制限速度は５０キロです。速度制限の表示がでたらブレーキを７に入れて、５０キロまで減速しますが、上り勾配なので、５５キロくらいになったらブレーキを切ります。あとは自然と４７キロくらいに減速されると思います。
立体交差部を通過すると速度制限が解除されますので、７５キロくらいまで加速します。あとはそのまま駅に停車します。こういう感じでいくと、ちょうどよい時間に到着できるでしょう。

田町→東京

浜松町までは７５キロくらいで走行すると、ちょうど定時くらいに通過できるようです。
新橋までは、おおむね８０キロくらいで走行していればちょうどよいと思います。ただ新橋を通過するときは、速度が６０キロに制限されていますので、速度制限の表示がでたらブレーキを４くらいに入れて、駅構内にはいる前に速度を落としておきます。この時減速が早すぎると、次の有楽町通過の時間に遅れてしまいますので気をつけましょう。
通過ポイントをすぎても速度制限は解除されていないという点は、案外落とし穴になりそうなんで、気をつけましょう。
新橋を通過し速度制限解除後は、９０キロくらいで走行しないと定時に間に合わないようです。また有楽町通過後すぐに、ブレーキを６から場合によっては８に入れないと、東京駅の速度制限（６５キロ）に引っかかりますので注意します。
東京駅構内にはいる前に６５キロまでの減速を済ませて、ブレーキレバーをいったん切っておき、残り１７０ｍくらいの位置（もっと手前でもいいかも）になるまでに、ブレーキレバーを８に入れるとよいようです。
東京駅に到着すると、ボーナスゲームがあります。

東京→上野

定時くらいで通過していれば、他の区間と同じように運転すれば、さして困るところはないでしょう。特に注意する点はないと思います。
ただ、東京駅に遅れて到着しているようだと、秋葉原までの余裕時間がほとんどないので、１００キロくらいまで加速しないと、おそらく持ち時間がなくなってしまいます。もし１００キロまで加速したときは、神田駅通過後直ちにブレーキレバーを８に入れます。